監理工程師有三個專業，分別為土木建筑工程、交通運輸工程、水利工程，其中土木建筑工程專業由住房和城鄉建設部負責，交通運輸工程專業由交通運輸部負責，水利工程專業由水利部負責。
監理工程師報名根據需要選擇一個專業類別報考，不能在一個考試年度報考多個專業，若需考取多個監理工程師專業證書，需要在取得一個專業監理工程師資格證書之后，以增報級別報考其余專業。
監理工程師實行注冊執業管理制度，取得監理工程師資格證書的人員需要注冊后才能執業，且監理工程師需要按專業注冊，每人最多可以申請兩個專業注冊，監理工程師注冊分為初始注冊、延續注冊、重新注冊等，注冊需要受聘于一個建設工程勘察、設計、施工、監理、招標代理、造價咨詢等單位。
